儒道合流下的东汉后期原始道教
部分信徒发展到上层社会，参与统治阶级内部的政治活动，从维护封建统治的立场出发，对早期民间道教进行改造。东晋葛洪系统总结了战国以来的神仙方术理论，在《抱朴子》中为道教构建了各种修仙方法，建立了一套神仙理论体系，丰富了道教的思想内容，对后来道教的发展产生了重大影响。同时，他提出了养生为内，儒为外的思想，将道家的神仙之术与儒家的经典和教义结合起来，宣扬道教徒要以儒家的忠孝仁恕信和为基础，否则即使勤于修炼也不能成仙。这为儒家官道奠定了理论基础。此外，参与道教的高级士绅日益增多，出现了许多石天道教家族。这些世家大族加入道教后，必然会把自己的思想带到道教中来。体现这一思想的尚青、灵宝等流派相继出现，并迅速发展。
与此同时，随着道教的逐步升级，民间仍然传播道教的流行形式，不断发动反抗封建统治的起义。东晋末年，孙思、鲁迅利用杜子恭的道教发动起义，提出了杀异己的口号，并杀害了服务于张五斗米道的士绅道士弟子，说明此时道教内部也存在着激烈的改革与反改革的斗争。
原始道教的成功转型是在南北朝时期。北魏太平真君年间(440-450)，山中道士寇在信奉道教的魏帝和宰相兼儒生的支持下，奉太上老君之命，主张整肃道教，革除、张衡、张禄三部假法，并在运动中制定了以礼为首、饮食修行相结合的新诵诫法。南朝刘宋时期，有庐山道士陆三传，二葛(葛玄、葛洪)集经，集上清、灵宝、诸经，故归纳三窟，归一等；根据封建宗法思想和制度，吸收佛教修行仪式，广行斋戒礼仪，以改革五斗米道，意在尊王，称南天师道。经过寇和陆对《道经仪》的修订，逐渐定型。在此基础上，陶弘景继续吸收儒释道思想，丰富了道教内容，构建了道教神仙谱系，记述了道教教史，主张三教合流，对以后道教的发展产生了重大影响。
魏晋南北朝时期，经过儒家对原始道教的不断改造，道教在形式和内容上逐渐完善和丰富，成为维护封建统治的皇家工具，并一直受到封建统治的崇拜和支持。封建统治者也从儒道合流走向儒道并重。