薛基的学术观点
1.根治疾病
《内经》提出“治必以精为本”，而《学记》沿袭了《内经》的思想，非常重视这一点。他的治病求本思想主要体现在两个方面:
第一，他强调运用辨证论治，寻求病根。所以他在《明医杂书注》中说:“凡治病不治标者，皆无知。”强调辨证论治求根的重要性。又说:“张结古先生说:‘五脏虚母虚，邪气略正。如果你没有达成你的意愿，那就不容易得到。徐永成先生说:‘任何心脏病，必先调理肝肾，肾为心之鬼。肝气一般调节心气的和谐，肝气郁结导致心气不足。这个心脏病一定要求肝，清源。五脏得病，会传胜，水胜火，所以肾之邪会传至心，所以先治肾，驱走其邪。在这里借用了张和徐永成的话，说明在临床上，我们应该把人体作为一个整体来对待。在五脏中，任何脏病损不仅与自身有关，还会有其他脏腑的影响。脏腑之间有很多关系，比如克制和虐待的产生，母子之间的相互作用。此外，还应加以辨析。以心脏病为例，提出肝的释放可以影响心气。
根据腹痛的辨证，薛的面色黄而常绿，左脉长，右脉紧。黄属土，腹痛多属脾，但其面色青，青为肝色，弦为肝脉，故辨证属肝郁脾虚之证。用半夏和木香的益气汤治疗，充分体现了其辨证论治的思想。
二是强调人以胃气为根本。《内经》一书中提出“有胃则生，无胃则死”。金元时期的医生李东垣撰写了《脾胃学说》，强调脾胃的内伤导致所有疾病。薛在继承前人学术思想的基础上，对其进行了继承和发展。他说:《内经》有几千字，旨在说明人天生有胃气，胃气是四时之本。他进一步解释说:“人以脾胃为根本，取五谷之精，精为人，浊为人胃。阴阳据说是和谐的，所以阳发于四肢，阴行于五脏；土旺四季，善承载一切。人得土养骨架，失土干四肢。”
覆盖脾胃是人体的根本，水谷的杀生运化全靠它，精微的气血全靠它。五脏的营养都取决于脾胃的强弱。所谓“中土填四方”。正气方面，虽然根植于先天的肾命，但它不断滋养脾胃，正气的盛衰对人体抵御外邪、消除疾病、维护健康至关重要。正气充盈，才能祛外邪，维护个人健康。有了这个说法，治疗的根本就是恢复正气，滋养脾胃就成了治疗的根本，所以薛基提出“胃是五脏之源，人体之根。”
2.滋养它的源头
薛滋补气血的源流是指在治疗疾病中，滋补人体、气血、精液化生的源泉。薛认为，人体后天生化之源属脾胃，土为万物之母，故自然界非土不能长万物，而脾胃五行属土，中土灌溉四方。只有脾胃旺了，人体的脏腑四肢才能得到滋养，所以薛基说“脾土补之，源才能养，金水才能共长。”因为脾气饱满，肺金自然旺盛，化源充足，阴精自盛。肺肾强健，能养肝降心火，五脏自平衡。因此，黄律素在解释薛的《修养起源论》时说:“消息来源是什么？盖脾土养肺，金生水，水平心自。”
正因为如此，石雪可以用此法治疗脾胃虚寒引起的咳嗽，后世称之为“培土生金”。石雪的养本治法，意在通过滋养脾胃来达到滋养五脏的目的，所以他说:“症属气血两虚，脾胃虚弱，津液血燥，大便难行，故法当养本。”
薛的补源理论虽以脾胃为重，但其具体的补源治疗并不局限于脾胃。根据肾、命门、脾胃的关系；认为除了直接治脾胃，还要求肾生，所以常用六味丸、八味丸加减。他在《明杂医笔记》中说:“所以，凡致病者，皆是气血不足，或精血未满而纵欲，根本不固，火不归经，故难以见症。虽常补阴以控火，但两脚有阴阳水火，互为生化。阴阳在两脏的时候，要平衡。若左尺脉弱，细数，为左肾真阴不足，用六味；右脚脉缓而软，或右脚脉深而细，伤心人数不足，则用八味。至于两脚无力，是阴阳两虚，用十补丸，是其源。”这篇文章认为肾和生命是阴精和杨琪的基础，双手的脉搏，左脚属于肾，右脚属于命门。若见左右足脉不足，则应循肾、命手、资源。
3.温脾胃
薛认为，脾胃的盛衰与人体健康密切相关。在讨论疾病的发病机理时，深受李东垣脾胃学说的影响。重点分析脾胃虚寒。他曾说:“人胃气受伤，虚证就会上升。”他还说:“如果六淫从外侵入，就会看到症状，也是因为内气虚，外邪侵袭。”说明内伤外感引起的疾病都与脾胃虚弱有关。这与李东垣“脾胃之气伤，元气不能充，百病皆因之”的观点如出一辙。
在具体治疗方面，薛主张“脾胃为气血之本，若阳气虚弱，阴血不能生，则用六君子汤；对于因阳虚不能生阴血者，也用钱塘汤炮制生姜；若胃热生阴血，宜用四物汤；脾胃虚寒不能生阴血者，应为八味丸。”“内伤发热，因暴饮暴食，劳损过度，元气丧失，阴火可占其土位，故孤独发热，宜用补中益气汤，以养其阳。若因劳累、起居不当、失血、虚火而发热，则用六味地黄丸补阴；你不能把它想成绰绰有余的火，而要用黄柏和知母。”“阳虚发热者，宜补中焦补阳汤；阴虚发热者，宜用六味地黄丸滋阴养血。总的来说，虽然有阴阳、气血的区别，但其实都是脾胃阳虚所致，其发热属于病证两虚。故禁服黄柏知母，恐再损阳耳。”从上面可以看出，薛集不仅接受了李东垣脾胃病中阴虚火旺内伤发热的治疗，而且主张温养脾胃以养脾胃之阳，使杨灿生长，人体阴阳得以恢复，形成了温养脾胃的治疗特色。当然，对于火衰土弱的虚寒证，指出火能补土，强调肾命对脾胃的温补作用，这是《东原》所没有的。
4.温补肾阳
薛对肾命的认识也较前人发挥了更大的作用，形成了自己的学术特色。他对命门的认识还没有脱离《难经》“左肾右命门”的理论，对肾命的认识已经被王冰“强水平阳之主”。益火之源，消影”。正如他所说:“所以，无火者，宜用八味丸，益火之源，消阴之用。“没有水的人用六味丸加强水主，平复太阳。但之所以治病人，皆是以气血为本，却累而亏本，或精血未满，却纵欲无度，根本不固，火不返经，难证。”石雪用《金匮要略》中的八味丸和钱乙《小儿医学证治指南》中的六味丸治疗各种虚症，使补肾法被广泛用于治疗杂病，对后世影响很大。比如赵先科的命门学说及其治疗就是受其启发。