下列说法正确的是:(1)发菜属于真核生物;2)原核生物中既有自养也有异养病毒;3)病毒最简单。

发菜是原核生物,这是错误的;

②原核生物中的蓝藻和硝化细菌属于自养生物,大部分属于异养生物,这是正确的;

③细胞是生命系统最基本的结构层次,③错;

④单细胞生物是一个个体,可以完成各种生命活动。④正确;

⑤HIV是一种没有细胞结构,没有细胞膜的病毒,⑤错误;

⑥生态系统由生物群落和无机环境组成,⑥正确;

⑦草履虫是单细胞生物,所以它同时属于细胞水平和个体水平,⑦正确;

植物生命系统的结构层次没有“系统”,是错误的。

所以选择:a。